El Alquimista narra el viaje del pastor Santiago en busca de un tesoro. El viaje le fue revelado por un sueño recurrente en el que había un tesoro cerca de las pirámides de Egipto. Santiago recurre a una gitana para que le interprete sus sueños. Sin embargo, aunque ella lo anima a seguir sus sueños, el protagonista no la escucha y compra un libro maravilloso y lo lee. Mientras Santiago descansa, el rey Salem, que al principio no reveló su verdadera identidad, explica que dice que tenemos una «leyenda personal».
Luego, el rey le da dos piedras de adivinación de alquimista: Urim y Tumim. Santiago vende todo y comienza su viaje desde Andalucía hasta las pirámides de Egipto. Al comienzo de su aventura, le roban y le pide a un comerciante que le dé comida y refugio. En cambio, él es responsable de limpiar las ventanas. Santiago se queda aquí por un año, aprendiendo la lengua árabe, su cultura y el Islam.
Después de eso, el héroe continúa su viaje. Pronto conoce a un inglés que visita al alquimista y le pide ayuda. Santiago acepta ayudarlo y conoce y se enamora de una mujer llamada Fátima. Entonces, mientras observaba huir a algunos halcones, tuve una visión de un ejército con espadas entrando al oasis en el que se encontraban.
El Alquimista es un caballero que protege el oasis y acompaña a Santiago en su viaje hacia el tesoro, sabiendo que fue Santiago quien reconoció las señales de batalla del halcón. En el camino, Santiago aprende sobre alquimia. Luego ocurren varios acontecimientos, incluido su secuestro y su llegada al convento, donde Santiago comienza su viaje solo hacia su «Leyenda Personal». Su corazón le dice que llorará en el lugar indicado y que encontrará un tesoro donde caigan sus lágrimas.
Hay un tesoro en el lugar donde llora Santiago, pero un ladrón del desierto lo roba. Santiago les explica que no sabe si existe algún otro tesoro, pero que sigue apareciendo en sus sueños.
